1月12日，據大同市機構編制委員會（1999）2號文件，經1999年1月8日市委常委會議討論：同意組建大同市云岡旅游區管理委員會，隸屬南郊區政府。

3月30日，國家文物局在北京召開工程技術專家會議，對云岡石窟修建保護性窟檐的問題進行了專題討論，同意在第9、10窟前修建保護性窟檐。

4月12～14日，山西省文物局長會議在太原召開，會上黃繼忠作了“云岡石窟的科學保護、研究及開發利用”的經驗介紹，受到普遍好評。

3月～5月，全面清掃洞窟灰塵，對第5、13、20窟壁畫與泥塑進行加固修復。

5～6月，云岡石窟山門、清代戲臺落架重修。

6月11日，山西云岡石窟文物研究所宣傳接待部被國家旅游局、共青團中央命名為“首批旅游景區全國青年文明號”。

9月1日，云岡旅游專線（從小站到云岡）通車；云岡石窟被評為“山西省十大著名旅游景區”之一。

9月10日，國務院副總理溫家寶視察云岡石窟。臨別前對所長李治國說：“感謝你給了我好多知識，使我懂得了文物要保護。”

10月6日，俄中友協名譽主席、俄科學院院士、漢學家奇文赫基為團長的俄羅斯 中國友好協會代表團一行參觀云岡石窟。

10月，云岡石窟申報列入《世界文化遺產名錄》工作啟動。