1月2日，著名指揮家騰矢初參觀云岡石窟，并題詞：“云岡石窟舉世文明，有意前來幾十年，今日終于實現，了卻本生意愿”。

1月初，張焯院長編著的《云岡石窟編年史》一書榮獲二○○六年度山西省社會科學優秀成果“百部（篇）工程”一等獎。

1月30日，云岡石窟研究院被中國旅游品牌風云榜暨旅游業領導人年會評為“中國魅力景區”。

是月，云岡石窟研究院被山西省文物局評為“2006年度博物館展示服務先進單位”；在大同市2000——2005年度社會科學工作中榮獲先進集體；被大同市勞動競賽委員會在全市首屆三十年以上無火災事故“雙先”評選活動中榮記集體一等功。

2月6日，中央電視臺主持人敬一丹參觀云岡石窟。

2月底，云岡石窟研究院組織部分職工赴清華大學、北京大學進行了為期3個月的培訓，主要學習了佛教美術研究及中國考古學兩門課程。

3月5日，波蘭議會議長一行參觀云岡石窟。

3月19日，印度考古局專家辛格考察云岡石窟。

3月20日，拆遷云岡石窟西院舊房、化學原料庫房。

3月25日，全國政協主席賈慶林視察云岡石窟。

3月28日，云岡石窟第20窟西地面降低、拓寬通道、坡道砌筑工程開工。

4月初，云岡景區旅游道路拓寬工程開工，該工程將第13～20窟前青石地面向南拓展15米、草地向南延伸30余米，將第9～13窟前地面向南拓展6米，使窟前游覽空間比原來擴大了近一倍。同時，對新形成的曇曜五窟廣場進行綠化、美化。在西部窟區進行了頂部護坡的防滲處理和前立壁加固。

4月7日，中央巡視組視察云岡石窟。

4月8日，云岡保護中心開始對云岡石窟第11窟進行保護性日常維護。

4月28日，云岡石窟票務中心成立。

是月，云岡石窟被全國民族文化旅游十大品牌組委會評為“2006年度全國民族文化旅游五十強”品牌。張焯院長被大同市委、市政府評為大同市勞動模范。

5月4日，全國政協副主席劉延東參觀云岡石窟。

5月8日，國家旅游局公布《關于批準發布北京市故宮博物院等66家景區為國家5A級旅游景區公告的決定》，云岡石窟被正式評為首批國家5A級旅游景區。

5月初，云岡石窟第18窟南挖掘古河壩一處。挖掘土石方，內部修筑水泥梁，頂部覆蓋玻璃罩保護，便于游客觀覽。

5月31日，香港《文匯報》一行9人參觀云岡石窟。

6月11日，云岡石窟被評為“大同市十大城市名片”首位。

6月14日，山西大同臺灣新竹兩岸書法聯展一行30人參觀云岡石窟并現場揮毫，張大千弟子孫家勤教授以“西天梵音”開筆，書法家們紛紛提字“山水有清音”“靈巖書院”等。

6月中旬，云岡石窟研究院黃繼忠、劉建軍、張海雁、任建光、劉洪斌參加山西省文物局主辦的第三次全國文物普查培訓班。

6月22日，韓國KBS國家電視臺攝制組來云岡石窟拍攝《面條之路》。

7月初，實施周總理紀念室整修工程。封堵龍王溝南北兩面進出口共筑圍墻40延長米。拆除橋南兩側圍墻90多延長米。

7月20日，對第2窟與第3窟之間古代車轍，覆蓋玻璃罩并立“古道車轍”標志石。

7月21日，香港鳳凰衛視來云岡石窟拍攝專題片并采訪院長張焯。

7月25日，英國貝利市議會議長鮑伯為團長的貝利市代表團一行14人參觀云岡石窟。

7月28日，著名作家余秋雨游云岡石窟，并題詞：“西天梵音”。此“西天梵音”刻石置西部窟群。

7月31日，天津電視臺拍攝《山西云岡石窟》宣傳片。

8月4日，實施東花園六角亭維修工程。

8月8日，日本大阪博物館一行15人來云岡石窟參觀，并與云岡石窟研究院研究人員座談。

8月初，對12窟進行日常維護工程。

8月11日，全省文物保護行政執法培訓班一行70多人參觀云岡石窟。

8月17日，國家旅游局在北京金臺賓館為全國首批5A級旅游景區頒牌，院長張焯出席頒牌大會，在與頒牌大會同時舉行的中國旅游協會旅游景區分會成立大會上，云岡石窟被選為常務理事單位，云岡石窟研究院院長張焯當選為中國旅游協會旅游景區分會第一屆理事會常務理事。

8月18日，第八屆“中國大同云岡·恒山旅游節”暨云岡石窟榮獲國家5A級旅游景區揭牌儀式在云岡石窟廣場舉行。

8月23日，院長張焯接受中央電視臺新聞中心社會新聞部采訪。

9月3日，全國政協副主席、民盟中央常務副主席張梅穎率全國政協教科文衛體委員會慰問團參觀云岡石窟。

9月4日，全國政協副主席、臺盟中央主席張克輝參觀云岡石窟。

9月8日，第十九屆全國（部分）旅游城市旅游局長協作會參會代表參觀云岡石窟，并在云岡石窟景區廣場舉行全國（部分）旅游城市爭創最佳旅游城市《大同宣言》簽字儀式。

9月初，對云岡石窟第9、10窟實施修砌排水道工程。

9月17日，國家教育部部長周濟一行參觀云岡石窟。

是日，香港知名人士邵文逸華女士，香港特別行政區行政長官曾萌權夫人曾鮑華薇女士一行50人參觀云岡石窟。

9月23日，國土資源部部長徐紹史一行參觀云岡石窟。

是日，原八路軍115師將帥子女一行參觀云岡石窟。

10月13日，云岡石窟申報世界遺產成功碑揭碑儀式在云岡石窟景區山門前舉行。圍繞云岡石窟今后的發展，前來參加揭碑儀式的市領導、專家學者及社會各界人士專門召開座談會，為建設云岡石窟大景區獻計獻策。

10月17日，云岡石窟安全技術防范工程驗收會在云岡石窟舉行，會議由國家文物局柴曉明司長和劉華彬處長及省文物局王義民處長主持進行，順利通過驗收。同時，云岡石窟凝結水試驗研究驗收會也在云岡石窟舉行。

10月18日，著名漫畫家方成先生參觀云岡石窟。

10月25日～11月9日，云岡石窟研究院保護中心溫曉龍、康文友參加在洛陽龍門石窟舉辦的《中國文物古跡保護總則》培訓班。

是月，《中國文化遺產》云岡石窟專刊出版，收集云岡石窟各類研究成果14篇。

11月，云岡石窟被中國旅游論壇組委會授予“中國優秀旅游景區”稱號。

是月，云岡石窟研究院編著《云岡石窟研究院/帶你走進博物館》，文物出版社出版。

是年，將第6窟前院天王殿東西兩側拱門上方文革時的泥灰剔除，現出清代磚雕“古剎──石佛寺”和“敕建—大佛寺”字樣。