云岡研究院是專門負責云岡石窟保護、研究與管理工作的機構，前身是1952年9月成立“大同市古跡保養所”，1955年4月更名為“山西云岡古跡保養所”，1958年8月機構更改為“山西云岡文物管理所”，1959年3月更名為“山西云岡石窟文物管理所”，1964年5月更名為“山西云岡石窟文物保管所”，1989年9月成立山西云岡石窟文物研究所，1998年11月“山西云岡石窟文物研究所”機構規格由科級調整為正縣（處）級，2006年8月正式成立“云岡石窟研究院”，2021年2月19日，為深入貫徹習近平總書記關于加強云岡石窟研究保護的重要指示，認真落實省委省政府工作部署，一體推進云岡石窟保護和云岡學研究，云岡研究院正式成立。