云岡研究院自2019年4月組織研學活動以來，深入挖掘景區文化內涵，依托豐富的文化資源，設計不同的主題線路，根據學員的專業背景和實際需求進行專業化研學課程定制。同時，充分發揮云岡石窟在大同文旅資源中的主導地位，與大同市及周邊區縣主要文旅單位建立研學合作關系，與國內121家研學機構和美育機構深度合作，按照研學活動的特點及規律進行優化配置，形成條理清晰、主旨鮮明的系列研學課程，近年來設計了以“石窟藝術、北魏文化、建筑藝術、魏碑書法、低碳環保、文物保護、天文地質”為主題的7條文化研學線路。

課程設置以專題講座、專家解說和體驗類手作課三位一體設計研學課程，其中手作課程有云岡造像和瓦當翻制；陶器和瓷器修復；北朝壁畫修復和繪制；考古現場體驗和木構建筑斗拱模型搭建；洞窟復制新技術考察與體驗。

云岡研究院科普基地開展的研學活動受到國家教育部、山西省教育廳的關注和認可，2020年12月7日云岡研究院研學基地被評為山西省第一批“游山西·讀歷史”研學實踐教育示范基地；2021年12月3日被教育部列入中央專項彩票公益金中小學校外研學實踐活動基地。2021年12月29日被評為山西省第一批省級文博研學基地。此外，云岡研究院科普基地設置多種形式的文物保護、文物修復、文化宣傳的研學科普課程，為開展中小學生科普教育創造了良好條件，2022年3月30日經山西省科技廳評審，云岡研究院被正式評為山西省科普研學基地。